基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析

【类型】期刊

【基金项目】国家自然科学基金项目（31460216；31560220）；云南省科技厅重大专项（2013bb006）；云南省农业科学院专项基金项目（yaas2013jc001；yaas2014jc012）；农业部茶树生物学与茶叶加工重点实验室开放基金项目（ltbb20140103）共同资助

【作者】陈林波 夏丽飞 周萌 宋维希 李晓霞 焉文光 梁名志 

【关键词】 SSR RNA 茶树 转录组测序 Seq

【刊名】分子植物育种

【出版日期】2015-01-01

【ISSN】1672-416X

【页码】2250-2255

【期号】第10期

【作者单位】云南省农业科学院茶叶研究所云南省茶树种质资源创新与配套栽培技术工程研究中心

【摘要】本研究基于RNA-seq技术对"紫娟"茶树芽、第二叶、开面叶、成熟叶四个时期的转录组进行测序以及生物信息学相关分析。研究结果表明,经组装分析获得268 172条transcript,进一步处理transcript获得206 210条Unigene,将获得的Unigene与Nr、SWISS-PROT、Tr EMBL、Cdd、pfam和KOG库进行blast,有19 379个Unigene被注释上25种KOG分类,注释到KEGG的Unigene个数为13 608,涉及的pathway有302个。SSR查找发现

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