基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究

【类型】学位论文

【作者】王丽鸳 

【关键词】 生物信息学 EST 茶树 转录组测序 分子标记

【学位授予单位】中国农业科学院

【学位年度】2011-01-01

【学位名称】博士

【分类号】S571.1

【导师姓名】成浩

【摘要】茶树(Camellia sinensis)是遗传研究和基因组信息比较缺乏的物种。目前,茶树上可有效利用的标记数量非常有限。本研究不仅以现有的公共EST数据库为基础进行茶树SSR和SNP分子标记开发应用研究,而且通过高通量RNA-seq获得大量茶树花的转录组序列,并以这些转录组序列为基础进行茶树SSR分子标记的大规模发掘,主要研究结果如下:(1)对NCBI网上公开的12,757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2 %,明确了茶树

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