茶树EST-SNP的挖掘及其CAPS标记的转化

【类型】会议论文

【会议录名称】第七届海峡两岸茶业学术研讨会论文集

【关键词】 SNP EST 茶树 CAPS

【会议名称】第七届海峡两岸茶业学术研讨会

【日期】2012-01-01

【摘要】从公共数据库中下载茶树EST序列，使用生物信息学方法挖掘候选SNPs；在候选SNPs两侧设计引物进行PCR扩增，对扩增产物双向测序进行验证；对确证的SNPs进行限制性内切酶识别位点分析，筛选出引起酶切位点改变的SNPs；在茶树基因组DNA中进行扩增，并使用相应的酶对扩增产物进行酶切，将SNPs转化为CAPS标记。结果，从EST序列中共发掘到818个候选SNPs；设计合成了123对引物，其中48对引物的PCR产物测序成功，共确证了201个SNPs；最终，将39个SNPs转化为CAPS标记。

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