茶树花转录组微卫星密度及分布特征研究

【类型】会议论文

【会议录名称】第七届海峡两岸茶业学术研讨会论文集

【关键词】 花 SSR 茶树 转录组

【会议名称】第七届海峡两岸茶业学术研讨会

【日期】2012-01-01

【摘要】利用Perl语言,对茶树花转录组序列进行大通量SSR位点的发掘,发现含不同重复基元SSRs的序列有10,290条,共12,582个SSRs,平均2.41 kb出现一个SSR.在茶树花的转录组序列中共发现340种碱基重复模式,所占比例最高的是(AG/CT)n(44.99％).在49586条注释成功的茶树花的unigene中,共发现了10,490个SSR位点,其中位于编码区的SSR位点数仅为1,917个,基因编码区SSR的出现频率仅为0.102 SSR/1000 bp,而在非编码区SSR的出现频率为3.072

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