茶树表达序列标签中的微卫星特征分析

【类型】期刊

【基金项目】国家“973”项目（2012CB722900）

【作者】钱春仙 高俊 刘林 杨静 李成云 

【关键词】 微卫星 表达序列标签 茶树

【刊名】西南农业学报

【出版日期】2015-01-01

【ISSN】1001-4829

【页码】1014-1019

【期号】第3期

【作者单位】农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室/农业生物多样性生物技术国家工程研究中心/云南农业大学植物保护学院

【卷号】第28卷

【摘要】从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占

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